Kurikulum MTs Negeri 1 Kudus menerapkan Kurikulum Kementerian Pendidikan Nasional yang dipadukan dengan Kurikulum Kementerian Agama dan dikembangkan sesuai dengan visi, misi dan tujuan MTs Negeri 1 Kudus. Dengan demikian, peserta didik MTs Negeri 1 Kudus akan mendapatkan pendidikan serta pelajaran umum seperti peserta didik di sekolah umum (Kemendiknas) dan pendidikan agama seperti peserta didik di madrasah (Kemenag).
MTs Negeri 1 Kudus juga menerapkan program-program dan penanaman nilai-nilai keagaman serta ketrampilan kepada peserta didik antara lain melalui : tadarus Al Qur’an, membaca doa dan Asmaul husna pada awal jam pembelajaran, sholat dhuha, sholat dhuhur berjamaah, , pembiasaan mengucapkan salam, ketrampilan khitobah dan praktik-praktik ibadah lainnya.
Selain itu MTs Negeri 1 Kudus juga menyelenggarakan beberapa jenis kegiatan ekstrakuriler yang dapat digunakan untuk mengembangkan bakat dan minat peserta didik.
Dengan memadukan kedua kurikulum tersebut dan pengembangan kurikulum madrasah serta program-program madrasah, maka diharapkan akan terwujud insan-insan yang cerdas, trampil, berakhlakul karimah dan memiliki budi pekerti serta kepribadian yang kuat.