Sebanyak 880 siswa kelas 6 MI dan SD dari berbagai sekolah baik dari dalam kota ataupun luar Kota Kudus mengikuti tes tahap 1 PPDB MTsN 1 Kudus, Ahad, 31 Maret 2019. Sebelum tes berlangsung tahap yang diikuti oleh calon siswa MTsN 1 Kudus adalah pendaftaran online dari tanggal 1-22 Maret 2019. Sebanyak 1450 siswa mendaftarkan diri secara online. Setelah tahap verifikasi hanya ada 880 siswa yang berhasil mengikuti tes tahap 1 PPDB.

    Menurut H. Eko Sudarmanto, S.Pd, M.Pd selaku Waka Kesiswaan dan Ketua Panitia PPDB tahun ini, ditolaknya beberapa siswa dikarenakan kurangnya syarat yang diikuti, misalnya harusnya nilai tiga maple; B. Indonesia, IPA dan Matetika sejak kelas 4-6 paling rendah mendapat 70 namun beberapa siswa ada yang kurang dari 70. 

Setelah seleksi tahap pertama nanti hanya 500 calon siswa baru yang diperkenankan mengikuti tes tahap berikutnya dengan ketentuan rangking 1-150 akan dites di kelas unggulan dan boarding sementara 151-500 akan tes BAT (Baca Tulis Al Qur’an) di non boarding.

    Verifikasi ini berdasarkan kriteria nilai yang ditetapkan oleh MTsN 1 Kudus yaitu 70 untuk seluruh mapel Ujian Nasional SD sejak kelas IV-VI SD/MI. Sehingga didapatkan 120 calon siswa yang nilainya kurang dari 70 dan harus dikembalikan.

Pada seleksi tahap I MTsN 1 Kudus ada 4 mapel yaitu; MTK dan PAI di jam pertama dan IPA serta B. Indonesia di jam kedua. Ruang tes, masih menurut Eko Sudarmanto dibagi menjadi 22 ruang tes. Setiap raung tes ada 40 peserta. Secara obyektif mereka mengerjakan dua soal yang berbeda, yaitu paket A dan B yang kisaran soalnya sama hanya berbeda peletakan nomer dan jawaban.

Pada Jum'at, 11 Mei 2018 akan diumumkan hasil tes tahap I dan peringkat 1 s.d.500 berhak mengikuti tes seleksi tahap II, selanjutnya mereka akan mengikuti tes tahap kedua pada hari Ahad, 13 Mei 2018 yaitu baca tulis al Qur’an. Dengan kriteria ranking 1-150 ada di penerimaan kelas unggulan dan ranking 151-500 di kelas reguler.

    Penerimaan peserta didik baru (PPDB) untuk kelas unggulan tahun; ini telah dibuka. Selama 5 hari dari mulai tanggal 25-30 April 2016, panitia PPDB Unggulan MTsN 1 Kudus yang dinahkodai oleh Eko Sudarmanto, S.Pd, M.Pd telah menerima sebanyak 356 pendaftar.

    Menurut Eko Sudarmanto, pendaftar kelas unggulan tahun ini mengalami peningkatan signifikan. Jika tahun lalu pendaftar unggulan hanya 284 pendaftar, tahun ini 356 pendaftar. Seluruh pendaftar akan memperebutkan 90 kursi kelas yang terdiri dari 3 kelas yaitu; A, B dan C.

    Tes kelas unggulan terbagi menjadi dua tahap, yaitu tes pada tanggal 1 Mei 2016 dan tes pada tanggal 8 Mei 2016. Dalam tes tahap pertama, pendaftar akan tersaring menjadi 135 calon peserta didik. Selanjutnya penentuan itu akan terjadi pada tes tahap kedua yang hanya menyisakan 90 calon peserta didik saja.