Madrasah
Tsanawiyah Negeri 1 Kudus (semula bernama MTs Negeri Kudus) merupakan salah satu madrasah peralihan dari PGAN 6 Tahun berdasarkan KMA No.16 Tahun 1978 tanggal 16 Maret 1978 maka sejak tahun 1979 PGAN di seluruh Indonesia dipecah menjadi dua tingkatan yaitu PGA 3 tahun (setingkat SLTA) dan MTs 3 tahun (setingkat SMP). Setelah melalui surat tersebut, berdirilah MTs Negeri Kudus dengan kepala Madrasah pertama kali adalah: H. Sukimo AF. MTs N Kudus berlokasi di desa Prambatan Kidul Kecamatan Kaliwungu Kab. Kudus. Gedung ruang belajar Madrasah pertama kali pada tahun 1983 sebanyak 3 lokal, pada tahun 1983 bertambah menjadi 15 lokal. Pada tahun 1987 bertambahmenjadi 21 lokal dan sampai sekarang ada 33 lokal kelas. Selain
itu, sarana dan prasarana di MTs Negeri 1 Kudus terus bertambah, pada tahun
2013, MTs Negeri 1 Kudus membangun boarding school dengan 1 gedung, di tahun
2020 membangun Indoor Sport Center sebagai upaya peningkatan kualitas dalam
bidang olahraga dan seni, dan di awal tahun 2021 MTs Negeri 1 Kudus menerima
bantuan pembangunan dengan skema pembiayaan Surat Berharga Syariah (SBSN). Dana
tersebut digunakan untuk membangun 2 gedung bertingkat Asrama Islamic Boarding
School.
1. H. Sukimo (tahun 1979 s.d 1991)
2. Drs. Mas'adi (tahun 1991 s.d 1994)
3. Drs. H. Haryono (tahun 1994 s.d 1999)
4. Drs. H. Abdullah Zahid, M.Ag. (tahun 1999
s.d 2003)
5. Drs. H. Syafi'i (tahun 2003 s.d 2006)
6. Drs. H. Nur Salim (tahun 2006 s.d 2014)
7. H. Ali Musyafak, S.Ag., M.Pd.I (2014 s.d
2018)
8. H.M. Taufiq Hidayat, S.Ag., M.Pd
9. Hj. Rodliyah, S.Ag., M.S.I. (2023 s.d
sekarang)
Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kudus yang beralamat di desa Prambatan Kidul Kec. Kaliwungu Kab. Kudus ini mempunyai letak yang sangat strategis untuk proses belajar karena terletak di komplek pendidikan dan perumahan penduduk yang jauh dari kebisingan lalu lintas jalan raya. Untuk akses jalan menuju madrasah dapat dilalui kendaraan umum dengan mudah. Di komplek ini, selain berdekatan dengan MIN Kudus dan MAN 2 Kudus, juga berdekatan dengan SMAN 2 Kudus, SMKN 1 Kudus, SMK Ma'arif Kudus dan Universitas Muhammadiyah Kudus serta perumahan penduduk. Ditinjau dari
lingkungannya, Madrasah MTsN 1 Kudus ini sangat cocok untuk berlangsungnya belajar mengajar.